Sin embargo, la estadía de King fue muy breve, compartieron algo así como cinco shows y ya. Luego, Kerry tuvo que decidir entre seguir en Megadeth o continuar un proyecto con su amigo Tom Araya, un proyecto llamado Slayer. La decisión final la conocemos. Tom Araya (bajista/vocalista de Slayer) alguna vez declaró que después de ver a Kerry King tocar con Megadeth, empezó a dar por muerta la recién formada Slayer. Pero luego se enteró que no todo se pintaba bonito dentro de Megadeth.
Tensiones entre el líder Dave Mustaine y el guitarrista Kerry King empezaron a brotar, Kerry necesitaba más tiempo para Slayer y en un intento por evitar que el problema se agrande, King decidió dejar la alineación. Esto solo molestó más a Mustaine.
Con los años, la enemistad fue tomando más forma, y ambos exponentes del rock prefirieron mantenerse distantes, hasta que compartieron unas giras. Fue entonces cuando Kerry manifestó acerca de Mustaine: "No tengo nada contra él. Pienso que es un gran guitarrista. Cuando íbamos para Canadá, yo decía, "voy a ir, y si veo a Dave seré cordial. Diré, "Hey, Dave! ¿Qué tal?". Pero si él es un idiota, yo seré más que él. Creo que tal vez él ha crecido un poco, creo que es un poco pomposo y un gran hipócrita - ese es mi problema con él, personalmente -, pero nunca he dicho nada de su forma de tocar la guitarra, creo que es genial".
Finalmente, luego de varios conflictos, los músicos decidieron dejar de lado sus problemas y hacer las paces. Incluso llegaron a unirse para crear el Big Four Tour junto a Metallica y Anthrax.
Kerry comparte escenario con Dave después de 26 años.